knitr::opts_knit$set(root.dir = '../../../')
library(stringr)
library(ggplot2)
library(dplyr)
## 
## Attaching package: 'dplyr'
## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     filter, lag
## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     intersect, setdiff, setequal, union

1 Load data

data <- read.table('report/promoter_upstream_downstream_10kb/fetalBrain/intersect.SRX026914.bed.gz', sep = '\t', header = F)

v11.good <- is.na(str_match(data$V14, '[ATGC]'))
v11.strategy1 <- str_match(data$V14, '(.+),.+,.+,.+')
v12.good <- is.na(str_match(data$V15, '[ATGC]'))
v12.strategy1 <- str_match(data$V15, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- v11.strategy1
strategy1[v12.good, ] <- v12.strategy1[v12.good, ]  
# strategy1 <- str_match(data$V12, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- strategy1[, 2]
class(strategy1) <- 'numeric'
data <- data.frame(strategy1 = strategy1, centisnp = data$V7, motif = data$V4, position = data$V2, strand = data$V6)
data <- unique(data)
motifs <- unique(data$motif)

2 Include all motifs

ggplot(data) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
    geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red') +
    ggtitle('All motifs')

for (i in motifs){
    data.sub <- data[data$motif == i, ]
    cat('\n')
    cat("#", paste('Motif', i), "\n")
    # cat("\n")
    print(ggplot(data.sub) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
        geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red'))
    # cat("\n")
    cat("\n")
}

3 Motif M01620

4 Motif M00084

5 Motif PBM0087

6 Motif M01259

7 Motif MA0018.2

8 Motif M00338

9 Motif M00778

10 Motif M00797

11 Motif M01182

12 Motif M01951

13 Motif M01935

14 Motif MA0006.1

15 Motif M02011

16 Motif MA0093.1

17 Motif M00799

18 Motif MA0004.1

19 Motif M01699

20 Motif MA0076.1

21 Motif M01990

22 Motif M01986

23 Motif M01167

24 Motif M00032

25 Motif M00244

26 Motif MA0100.1

27 Motif PBM0203

28 Motif M00428

29 Motif M00986

30 Motif M00491

31 Motif M01639

32 Motif M01241

33 Motif M00108

34 Motif M01714

35 Motif M01610

36 Motif M01933

37 Motif M01972

38 Motif M00246

39 Motif M00245

40 Motif M00243

41 Motif M00235

42 Motif M01636

43 Motif M01509

44 Motif PBM0126

45 Motif PBM0104

46 Motif PBM0103

47 Motif PBM0132

48 Motif PBM0135

49 Motif PBM0116

50 Motif M02040

51 Motif M01985

52 Motif M01940

53 Motif M01700

54 Motif M00654

55 Motif M01925

56 Motif PBM0027

57 Motif M01559

58 Motif M01961

59 Motif M01104

60 Motif M01903

61 Motif M01629

62 Motif M00008

63 Motif PBM0054

64 Motif M01512

65 Motif M01839

66 Motif M01002

67 Motif M00740

68 Motif M00431

69 Motif PBM0121

70 Motif PBM0114

71 Motif PBM0113

72 Motif PBM0107

73 Motif M00916

74 Motif M00466

75 Motif M01220

76 Motif M01617

77 Motif M00752

78 Motif M00712

79 Motif PBM0105

80 Motif PBM0094

81 Motif PBM0130

82 Motif PBM0128

83 Motif PBM0119

84 Motif PBM0100

85 Motif PBM0110

86 Motif PBM0101

87 Motif PBM0097

88 Motif M02037

89 Motif M01992

90 Motif M01989

91 Motif M01987

92 Motif M01982

93 Motif M01980

94 Motif M01979

95 Motif M01976

96 Motif M00262

97 Motif M01660

98 Motif MA0048.1

99 Motif M01243

100 Motif M00940

101 Motif M00939

102 Motif M01492

103 Motif M00263

104 Motif PBM0077

105 Motif M00920

106 Motif M00516

107 Motif M00113

108 Motif M00017

109 Motif PBM0023

110 Motif M01550

111 Motif M01517

112 Motif PBM0082

113 Motif M01613

114 Motif M01649

115 Motif M01962

116 Motif M01122

117 Motif MA0115.1

118 Motif MA0017.1

119 Motif M00158

120 Motif M00765

121 Motif M00762

122 Motif M01544

123 Motif M01251

124 Motif M01634

125 Motif M00345

126 Motif M00652

127 Motif M01175

128 Motif M00649

129 Motif MA0003.1

130 Motif M00470

131 Motif M01948

132 Motif M00698

133 Motif M00373

134 Motif M01947

135 Motif M01648

136 Motif M00697

137 Motif M00694

138 Motif M00036

139 Motif M01862

140 Motif M01820

141 Motif M00917

142 Motif M00691

143 Motif M00513

144 Motif M01863

145 Motif M01187

146 Motif M01186

147 Motif M00179

148 Motif M00178

149 Motif M01861

150 Motif M00981

151 Motif M00946

152 Motif M00375

153 Motif M00039

154 Motif M00514

155 Motif M00121

156 Motif PBM0198

157 Motif PBM0181

158 Motif M00369

159 Motif M00187

160 Motif M01577

161 Motif M00236

162 Motif MA0059.1

163 Motif M00154

164 Motif M00497

165 Motif MA0024.1

166 Motif M00739

167 Motif M00738

168 Motif M00737

169 Motif M00427

170 Motif M00426

171 Motif M00050

172 Motif M01958

173 Motif MA0162.1

174 Motif M01219

175 Motif MA0057.1

176 Motif M01840

177 Motif M00971

178 Motif M00918

179 Motif M00014

180 Motif M01635

181 Motif M01643

182 Motif MA0039.2

183 Motif M00264

184 Motif M00425

185 Motif M00492

186 Motif PBM0172

187 Motif PBM0171

188 Motif M00693

189 Motif M01673

190 Motif M00069

191 Motif MA0117.1

192 Motif M00024

193 Motif M01736

194 Motif M00001

195 Motif M01793

196 Motif M01927

197 Motif PBM0013

198 Motif M01558

199 Motif PBM0200

200 Motif M00985

201 Motif M00539

202 Motif M00945

203 Motif M00371

204 Motif M00370

205 Motif M00220

206 Motif M00660

207 Motif M01742

208 Motif M00512

209 Motif M01650

210 Motif M00763

211 Motif M01681

212 Motif M01035

213 Motif M01752

214 Motif M00064

215 Motif PBM0191

216 Motif PBM0176

217 Motif M00175

218 Motif PBM0162

219 Motif PBM0145

220 Motif MA0138.2

221 Motif M01256

222 Motif M00325

223 Motif M00256

224 Motif M01028

225 Motif MA0139.1

226 Motif M01200

227 Motif M01911

228 Motif M01607

229 Motif M01816

230 Motif M01642

231 Motif M01916

232 Motif M00973

233 Motif MA0007.1

234 Motif M00651

235 Motif M00281

236 Motif M01662

237 Motif M01511

238 Motif M00279

239 Motif M01050

240 Motif MA0088.1

241 Motif M00469

242 Motif PBM0081

243 Motif MA0156.1

244 Motif M01298

245 Motif M01852

246 Motif M00806

247 Motif M00443

248 Motif M01909

249 Motif PBM0156

250 Motif PBM0140

251 Motif PBM0079

252 Motif M01054

253 Motif M01964

254 Motif M00696

255 Motif M00303

256 Motif M01111

257 Motif M00993

258 Motif M00104

259 Motif M00210

260 Motif M00280

261 Motif PBM0005

262 Motif M01646

263 Motif M00065

264 Motif MA0111.1

265 Motif M01768

266 Motif M00930

267 Motif M00795

268 Motif MA0091.1

269 Motif M00746

270 Motif M00150

271 Motif M01945

272 Motif PBM0134

273 Motif M01785